デバッグモードを起動するためには、まず準備としてコマンド入力が必要です。
実行できるのは本編だけで、虎の巻では一切デバッグモードは出来ませんので注意して下さい。
忍術指南は本編任務になりますので、可能です。

忍凱旋の本編の任務プレイ中に、スタートボタンでポーズをかけてＬ１とＲ２を押しながら ↑、△、↓、×、←、□、→、○と入力し、次にＬ１とＲ２を放して Ｌ１、Ｒ１、Ｌ２、Ｒ２と入力します。
成功するとポーズが一瞬とけますので、確認できると思います。

なかなか一回では成功しないので、何度も試してみて下さい。
入力に失敗してもポーズは解除する必要はありませんので、 そのまま再度入力して下さい。

なおこの起動準備は、その任務が開始される度に入力する必要があります。
その任務中なら一度入力が成功すれば、デバッグモード起動の為に再度入力する必要はありません。

上記の起動準備が完了したら、ポーズを解除した状態でＬ２とＲ２を同時に押します。
するとデバッグモードが開き、操作することが出来ます。

まず、下記のような画面が開きます。
以下、順を追って項目を辿ってください。

ＳＥＬＥＣＴ　ＯＰＴＩＯＮ 　　ＬＡＹＯＵＴ　ＥＮＥＭＹ 　　ＬＡＹＯＵＴ　ＩＴＥＭ 　　ＦＩＬＥ 　　ＣＨＡＲＧＥ　ＩＴＥＭ 　　ＰＬＡＹＥＲ 　　ＳＴＡＧＥ 　　ＣＡＮＣＥＬ

ＬＡＹＯＵＴ　ＥＮＥＭＹ	キャラクターの配置、動作などの設定を行ないます。
ＬＡＹＯＵＴ　ＩＴＥＭ	アイテムの配置の設定ができます。
ＦＩＬＥ	データファイルに関する項目を設定できます。
ＣＨＡＲＧＥ　ＩＴＥＭ	忍具を自由に装備することができます。
ＰＬＡＹＥＲ	プレイヤーに関する項目を設定できます。
ＳＴＡＧＥ	ステージに関する項目を設定できます。
ＣＡＮＣＥＬ	項目をキャンセルし、デバッグモードを終了します。

デバッグモードを起動できる状態になると、 これ以降、通常通りのプレイをすることはできなくなります。
あくまでもゲームをいじくって楽しむためのモードであるため、 本編とは全く別の裏モードといえます。
デバッグモード中に本編を通常通り楽しみたい場合は、 一旦タイトル画面に戻ってから、改めてプレイしましょう。

通常、ゲームというのはハードの処理能力を考えた上で、 適切にバランス調整が行われて作られているものです。
デバッグモードはこのバランスですら狂わせることができるので、 あまりやりすぎると処理落ちして、フリーズしてしまうこともあります。
こうなるとリセットするしかなくなるので、注意しましょう。

またデバッグモード起動のコマンドを入力した後は、ポーズ中にセレクトを押すことでコマ送り再生が可能になります。
約６０分の１秒ずつコマ送りでき、連打することでスローモーションさせることもできます。

デバッグモードを閉じるには、 基本的には各項目の『ＣＡＮＣＥＬ』を選択するか、 空白部分を選択するとデバッグモードが閉じます。 また、『ＣＡＮＣＥＬ』の項目がある場合は、×ボタンでも閉じることができます。

エラーや状況表示などの場合、画面内に 『ＰＲＥＳＳ　ＳＴＡＲＴ　ＴＯ　ＣＯＮＴＩＮＵＥ．．．』 の文字が表示されていれば、スタートボタンを押せばデバッグモードが閉じます。 （ポーズがかかりますので、もう一度押す必要があります）

上記の項目が表示されていない場合はキャンセルする方法はなく、 何かしらの項目を指定していくしかありません。